Từ 2500 cho đến 3000 trước (tương ứng với các đời vua Hùng dựng nước), mảnh đất Lộc Ninh đã có người cư trú. Đó là vài nhóm thuộc người Indonesien cổ nói tiếng Môn-Khmer, tổ tiên của người S’tiêng, Mạ, M’nông, Khome hiện nay. Đến đầu thế kỷ XIX, Lộc Ninh chỉ có dân cư của các nhóm địa phương khác nhau thuộc các bộ tộc S’tiêng, Mạ, M’nông, Khome… cư trú rải rác từ năm 1801, triều Nguyễn bắt đầu cho thiết lập cơ cấu hành chính và hệ thống đồn ải để quản lý dân cư và lãnh thổ. Những năm 20,30 đầu thế kỷ XIX, người Việt, trước tiên là binh lính đồn trú và gia đình họ, bắt đầu có mặt tại Lộc Ninh. Lúc bấy giờ, vùng Lộc Ninh thuộc huyện Phước Long, thị trấn Biên Hoà (sau đổi thành tỉnh Biên Hoà). Tháng 12/1861, sau khi chiếm tỉnh thành Biên Hoà, thực dân Pháp đưa quân tiến chiếm Lộc Ninh. Đến năm 1889, Lộc Ninh trở thành một tổng của Phủ Phước Long, tỉnh Biên Hoà và đến năm 1893 Lộc Ninh là một quận Cần Lê. Cư dân người Việt sinh sống tại đây tăng lên khá nhanh chóng. Bước sang đầu thế kỷ XX, thực dân Pháp lần lượt lập nên ở vùng Lộc Ninh - Hớn Quản các đại lý hành chính và đồn binh như đại lý hành chính Hớn Quản (1906), đôn binh Bù Đốp (1906) để xiết chặt ách kiểm soát. Năm 1912, tỉnh Thủ Dầu Một được hình thành từ một phần tỉnh Biên Hoà và một phần của tỉnh Gia Định. Đến đây Lộc Ninh là một trong 12 tổng của Tỉnh Thủ Dầu Một. Cũng vào thời điểm này, tư bản Pháp đổ xô vào chiếm đất lập đồn điền cao su. Năm 1911, Công ty cao su Xét Xô ra đời, đặt trụ sở tai Lộc Ninh. Nguồn nhân công tại chỗ không đáp ứng đủ nhu cầu nên bọn địa chủ tư bản đã cấu kết cùng chính quyền thực dân sử dụng lực lượng cai mộ phu thực hiện các thủ đoạn lừa mỵ, mua chuộc và cưỡng bức nông dân miền Bắc, miền Trung vào làm công nhân trong các đồn điền. Từ năm 1917 đến năm 1928 hàng ngàn người các tỉnh Thái Bình, Nam Định, Hưng Yên, Hải Dương, Bắc Ninh, Bắc Giang, Sơn Tây, Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Nam bị lùa vào vùng Lộc Ninh, Bù Đốp. Cho đến năm 1943, đã có hơn 20.000 đồng bào miền bắc, miền trung vào 8.000 đồng bào dân tộc làm công nhân cho đồn điền cao su ở Lộc Ninh. Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho giới tư bản áp bức bóc lột công nhân cao su và đồng bào cư ngụ trong vùng, thực dân Pháp giao bộ máy hành chính địa phương cho bọn chủ đồn điền quản lý. Đơn vị hành chính cấp tổng bị bãi bỏ. Từ năm 1927, Lộc Ninh trở thành một xã của quận Bù Đốp, tỉnh Thủ Dầu Một, ngồm 11 làng và một số phum sóc đồng bào dân tộc. Cơ cấu hành chính này giữ nguyên cho đến năm 1945. Trong kháng chiến chống Pháp, theo hệ thống tổ chức của cách mạng từ năm 1946 đến năm 1951, Lộc Ninh là một xã thuộc quận Hớn Quản, tỉnh Thủ Dầu Một. Sau hiệp định Geneve (20/7/1954), đế quốc Mỹ nhảy vào Miền Nam lập nên chế độ tay sai Ngô Đình Diệm. Chính quyền Diệm dùng những biện pháp lừa mỵ và cưỡng ép đồng bào Thiên chúa giáo di cư vào Nam, cải tổ việc bố trí dân cư và tổ chức bộ máy hành chính nhằm tạo lá chắn bảo vệ thủ đô Sài Gòn từ xa. đồng thời để tạo bàn đạp cơ động tấn công các căn cứ kháng chiến, tách dân ra khỏi ảnh hưởng của cách mạng. Đồng bào Thiên chúa giáo ở xứ đạo Bùi Chu, Phát Diệm bị đẩy lên đây đã xây dựng các đồn điền Chu Ninh, 1,2,3 ở Thiện Hưng, Tích Thiện, ở Lộc Khánh… Tiếp đó, nhiều gia đình vốn là dân vùng căn cứ kháng chiến khu 5, nhất là Quảng Nam, Quảng Ngãi cũng bị lùa vào đình cư ở Lộc Ninh, tại những khu trọng điểm trong kế hoạch quân sự địa phương của Mỹ - Diệm. Tháng 10/1956 chính quyền Ngô Đình Diệm tách một số quận Bắc của hai tỉnh Thủ Dầu Một và Biên Hoà để thành lập hai tỉnh mới tỉnh Bình Long và Phước Long. Từ tháng 10/1957, theo cơ cấu hành chính của tỉnh Lộc Ninh là một đơn vị hành chính cấp Quận thuộc tỉnh Bình Long. Tháng 4/1972 Lộc Ninh hoàn toàn giải phóng và vinh dự trở thành nơi đặt cơ quan lãnh đạo Trung ương Cục Miền Nam và bộ chỉ huy Miền, là trung tâm chính trị của Chính phủ cách mạng Lâm thời Cộng hoà miền Nam Việt Nam. Liền sau đó, Lộc Ninh là nơi tiếp nhận hàng vạn Việt kiều từ Campuchia chạy về tránh sự khủngbố, giết hại của bọn phản đọng Lon Nol đang cầm quyền. Dân số Lộc Ninh tiếp tục tăng đáng kể. Trong khoảng thời gian từ năm 1972 đến cuối năm 1975, theo hệ thống tổ chức của nước ta, hai tỉnh Bình Long và Phước Long được hợp nhất thành tỉnh Bình Phước (sau đó tỉnh Bình Phước lại hợp nhất với tỉnh Thủ Dầu Một thành tỉnh Bình Thủ). Tháng 10 năm 1976 theo quyết đình của Quốc hội khoá IV nước Cộng Hoà xã hội chủ Nghĩa Việt Nam, tỉnh Sông Bé được thành lập rên cơ sở các tỉnh Thủ Dầu Một và Bình Phước trước đây, bao gồm 9 huyện, thị. Ba huyện Lộc Ninh, Hớn Quản, Chơn thành hợp nhất thành huyện Bình Long, thuộc tỉnh Sông Bé. Đến tháng 3/1978, Chính Phủ nước Cộng Hoà xã hội Chủ nghĩa Việt Nam quyết định tách huyện Lộc Ninh ra khỏi huyện Bình Long và Bù Đốp ra khỏi huyện Phước Long để thành lập huyện Lộc Ninh mới. Trong khoảng thưòi gian này, hưởng ứng chủ trương của Đảng về việc phân bố lại dân cư, xây dựng các vùng kinh tế mới, dân nhiều địa phương thuộc Hà Sơn Bình, bình Trị Thiên, TP HCM đến Lộc Ninh làm ăn sinh sống ngày càng nhiều. Đến năm 1997 tỉnh Sông Bé cắt các huyện Lộc Ninh, Chơn Thành, Đồng Phú, Phước Long, Bù Đăng, Bình Long để thành lập tỉnh Bình Phước. Thực hiện Nghị Định 17/NĐ-CP ngày 20/2/2003 về việc thành lập huyện Bù Đốp, từ ngày 01/5/2003 huyện Lộc Ninh được tách ra thành 2 huyện Bù Đốp và Lộc Ninh. Sau khi chia tách, huyện Lộc Ninh còn lại tổng diện tích tự nhiên là 86.297,52 ha gồm 12 xã và 1 thị trấn đến năm 2008 thành lập thêm 3 xã mới nâng lên tổng số xã là 15 và 1 thị trấn.